No es La Escuela Moderna la obra más importante de Francisco Ferrer Guardia, y no lo es porque apenas estuvo en funcionamiento durante un breve lustro. Su tarea de mayor relevancia fue la Editorial Publicaciones de La Escuela Moderna, que sobrevivió al fundador y continuó desarrollándose más allá de la voluntad testamentaria de aquél, abriéndose camino durante el primer tercio del siglo XX. 127 libros puso en circulación La Editorial Publicaciones Escuela Moderna de Barcelona.

El proceso Ferrer en la Causa por regicidio frustrado (1906) finalizó con la absolución de Francisco Ferrer Guardia, no obstante La Escuela Moderna fue clausurada, impidiendo la autoridad gubernativa que nunca más pudiese abrir sus puertas. El contenido de varios libros de La Escuela Moderna fue objeto de debate parlamentario en el Congreso de los Diputados de España y, por orden judicial, los libros de la Escuela Moderna fueron destruidos.

Un nuevo proceso Ferrer tuvo lugar, en este caso, por ataques contra el orden público con motivo de la publicación de otro de los libros de la Escuela Moderna: Pensamientos Revolucionarios (1906).

Tras La Semana Trágica de Barcelona de 1909, se abre un nuevo proceso Ferrer, primero en el marco de la Causa por delito de rebelión militar y, a continuación, otro proceso Ferrer como consecuencia de la creación de una pieza separada, denominada Causa contra Francisco Ferrer Guardia instruida y fallada por la Jurisdicción de Guerra en Barcelona, 1909.

Pascual Velázquez Vicente ha estudiado en profundidad la Editorial Publicaciones de la Escuela Moderna, ha reunido en su biblioteca particular 80 de aquellos libros de la Escuela Moderna, ha visitado archivos civiles y militares, examinado las diligencias judiciales, desvelado la fabricación de pruebas falsas, revelado qué militares fueron condecorados y cuáles sancionados, e identificado los nombres y apellidos de los últimos responsables del Proceso Ferrer. Su trabajo ha sido objeto de dos tesis doctorales, La Escuela Moderna: Una editorial y sus libros de texto (1901-1920), Facultad de Educación, Universidad de Murcia, 2009; y Estudio Histórico-Jurídico de la Causa contra Francisco Ferrer Guardia, instruida y fallada por la Jurisdicción de Guerra (1909), Facultad de Derecho de la U.N.E.D., 2012.